目前，在我国养殖大菱鲆过程中已发现的主要病原有：病毒、细菌和寄生虫。 

（一）病毒 

已发现的病毒性病原主要有大菱鲆虹彩病毒。该病毒可能通过养殖水源、鱼苗、冰鲜杂鱼、不卫生操作等方式和介质传播。 

（二）细菌 

大菱鲆的细菌性病原较多，已发现的主要有弧菌类（鳗弧菌、哈维氏弧菌、创伤弧菌、灿烂弧菌、溶藻胶弧菌等）、迟钝爱德华氏菌、假单胞菌、肠球菌等。许多细菌种类在自然环境中普遍存在，在正常情况下并不会导致大菱鲆发病，只有当养殖环境恶化，鱼体健康状况欠佳、抵抗力下降时，可能会感染鱼类发病。细菌性病原可通过养殖水源、鱼苗、饵料、有机物积累、工具、人员、动物等方式和介质传播。 

（三）寄生虫 

目前已发现的大菱鲆寄生虫病原主要有盾纤毛虫病、鞭毛虫、车轮虫和隐核虫。寄生虫病可通过养殖水源、鱼苗、小杂鱼饵料、有机物积累、工具等方式和介质传播。